Trong chiến tranh Việt Nam, ông làm phục vụ ở nhà tù VNCH. Sau giải phóng, Nguyễn Hà Phan đã được Mỹ hậu thuẫn đóng giả trà tù binh và trộn vào nhóm tù binh cách mạng của Việt Cộng bị bắt. Phan từng giữ nhiều chức vụ lớn như chủ tịch ủy ban nhân dân Hậu Giang, Bí Thư Hậu Giang, Trưởng Ban Kinh Tế TW, Phó chủ tịch Thường trực Ban Bí thư …

Phan được Tổng bí thư (TBT) Nguyễn Văn Linh hồi ấy tin tưởng và ủng hộ vận động cho Phan lên làm thủ tướng. Theo dự đoán nếu không bị lộ 10 năm nữa nhiều khả năng sẽ lên tổng bí thư. Đến khi TBT Nguyễn Văn Linh viết hồi kí. Vốn là người cẩn thận, ông Linh khi viết hồi kí ông luôn tìm nhân chứng để tạo sự thuyết phục. Tuy nhiên số cán bộ trong tù bị bắt cùng ông đã bị giết sạch chỉ còn Phan. Ông Linh bấy giờ mới đặt nghi vấn cho Phan. Theo trí nhớ của TBT Nguyễn Văn Linh thì trong số lính trong nhà tù có một tên lính đã đánh ông, nhưng ông lại không nhớ mặt. Tên lính này khiến ông Linh mường tượng về Phan. Ông Linh vẫn nhớ trên lưng hắn có vết sẹo, ông Linh đã liên kết với đồng chí Đỗ Mười (bấy giờ là Uỷ viên Bộ Chính trị) tổ chức cho Phan đi tắm biển để theo dõi thì đúng là trên người hắn có vết sẹo như TBT Nguyễn Văn Linh đã đặt nghi vấn, Nguyễn Hà Phan lúc đó đã lộ rõ mặt thật của mình.

Vào năm 1996 trong một buổi sáng ông Phan đã có 1 loạt đơn tố cáo, bị khai trừ khỏi đảng và tước hết mọi chức vụ sau đó bị quản thúc đến cuối đời để tra hỏi.

Trường hợp của Phan là trường hợp mật vụ CIA gài sâu nhất trong cơ quan nhà nước Việt Nam, tuy nhiên Việt Nam đã kịp khai trừ để không xảy ra hệ lụy. Sau vụ Nguyễn Hà Phan chính quyền Mỹ đã tổ chức nhiều cuộc điều tra bí mật với các Việt Kiều tại Mỹ xem ai đã báo tin này.

CPDVN